Всё, что вы перечислили: перебираются в ручную - это отбраковка, без неё никак, она должна быть ручной; красятся в ручную - это ручная покраска изготовленного на станке изделия, но никак не изделие ручной работы.
Если бы руны были напилены вручную, вручную вырезано рисунок, вот этоизделие ручной работы. А так, ручная покраска, не более.