Сюжет Risen разделен на 4 главы («Глава 1: Запретный остров», «Глава 2: План инквизитора», «Глава 3: Храм» и «Глава 4: Титан»), в игре есть расы, нетипичные для фэнтези RPG. Сюжет предполагает возможность создания сиквела. В игре существует большое количество заданий и квестов, за прохождение которых зачастую даются специальные достижения.

Завязка игры происходит во время небольшого видеоролика повествующего о том, как главный герой вместе с женщиной по имени Сара, проникнув на корабль инквизиции, попадают в шторм, вызванный невидимым Титаном. Инквизитор Мендоса, глава этой экспедиции, обладающий волшебным окуляром, позволяющим ему видеть потоки магии, пытается сражаться с Титаном, но, поняв тщетность своих попыток, телепортируется с корабля. После чего Титан разрушает корабль, отправив Сару и героя на дно. Протагонист приходит в себя на берегу острова, окруженный трупами экипажа корабля. Также выживает и Сара.