Сергей, добрый день. Теоретически конечно можно, но надежность такого ремонта под большим вопросом. Все таки, шпатлевки наносятся на основания, а сквозная коррозия это отсутствующее основание. Если все же решитесь использовать, то рекомендуем полностью удалить всю ржавчину вокруг сквозной коррозии, и использовать стекломат в качестве подложки.

Не рекомендую вообще шпатлевать места с сильной коррозией и малой толщиной металла, так как отслоение при вибрации неминуемо а на ржавой поверхности адгезия будет минимальна, да и процесс окисления не остановить поскольку шпатлёвка гигроскопична. P.S.: сначала перевариваем дно/другой элемент, потом грунтуем, а уж потом шпатлюем.