Игроку предстоит объединить отряды Сопротивления и освободить Округ Хоуп от сектантов.Во время прохождения, игрок, находя новых друзей, сумеет освободить сначала остров Датча, а затем и все основные регионы Округа, убив членов семьи Иосифа, после чего получает вызов от Отца и приглашение на остров Иосифа, после чего перед игроком встанет выбор, как поступить дальше. Встретившись лицом к лицу с Иосифом Сидом, пленившим полицейских и взявшим под контроль посредством «Блажи» членов Сопротивления, игрок должен либо покинуть округ, забрав полицейских и оставив Иосифа и его паству в покое, либо продолжить сопротивление.В игре несколько концовок. Если уйти из округа, Иосиф благословит игрока, который вместе с полицейскими уедет, но шериф в дороге скажет игроку и полицейским, что с культом покончит Национальная гвардия, за которой они и отправляются, после чего включит магнитолу, проигрывающую мелодию, используемую Иаковом для промывки мозгов. Экран краснеет, показывая очередной (опыты над сознанием главного героя в плену в горах Уайттейл) приступ неконтролируемой агрессии игрока, после чего следуют титры. Если продолжить сопротивляться Иосифу, игрока ждёт битва с лидером секты, во время которой надо освободить от опьянения «Блажью» пленённых друзей. После приведения друзей в чувство, Иосиф начнёт говорить о сбывшемся пророчестве, после чего вдалеке прогремит ядерный взрыв. Спешно сев в автомобиль, игрок, полицейские и Иосиф увидят ещё несколько ядерных взрывов. Пытаясь спастись от гибели, игрок, управляющий машиной врезается в дерево. Все, находящиеся в машине, кроме игрока и Иосифа погибают. Бессознательного игрока Иосиф отводит в бункер Датча. Очнувшись привязанным к ножке кровати, как и в начале игры, игрок увидит перед собой Иосифа и труп Датча. Сид заявит об очищении мира и о начале новой эры, говоря о скором возвращении на свет навстречу Новому Эдему.Также есть секретная концовка в начале игры (в церкви), при которой игрок не станет арестовывать Иосифа. Соответственно никто из членов секты или полицейских не погибнет.