Режим уничтожения состоит из игрока, управляющего Годзиллой, когда он атакует определенные этапы (10 областей, выбранных вручную в конце каждого раунда, из 25 уровней), и похож на Godzilla Generations. Чтобы очистить сцену, игрок должен уничтожить все генераторы G-энергии на карте, а также подвергнуться нападению G-Force и иногда босса (боссы также должны быть побеждены, чтобы пройти область). Некоторые из этих этапов рассчитаны по времени, и игрок должен уничтожить все генераторы до истечения таймера. По мере того, как Годзилла уничтожает такие объекты, как здания, генераторы G-энергии и военные транспортные средства, он будет увеличиваться в размерах. Годзилла начинает кампанию с высоты 50 метров и может достигать практически неограниченных размеров. Боссы, с которыми сталкивается Годзилла, будут выровнены на соответствующей высоте в зависимости от текущего размера Годзиллы, хотя иногда на более сложных уровнях они больше. Но если Годзилла умирает и уровень повторяется, босс становится меньше в размерах.