Добрый день, Ягуб А.! Лучше позиционировать трещины бруса так, чтобы на них не попадала влага. Судя по всему, Вы используете сырой брус, который может со временем (естественной сушки) дать трещины в любых местах, поэтому сильно не заморачивайтесь. Покройте защитной пропитками или маслом по дереву, этого достаточно будет для его защиты. На жесткость конструкции это сильно не повлияет.