В продажу мускатный орех поступает в виде круглых плотных ядрышек темного или белого цвета (за счет извести, применяемой для отпугивания насекомых). Тертые ядрышки жгуче-пряного сладковатого вкуса со своеобразным ароматом, широко используют в кулинарии многих стран мира. Их добавляют во фруктовые компоты, овощные салаты, блюда из молока, грибов, птицы, овощей (картофеля, шпината, тыквы, брюссельской капусты, брокколи и кабачков).

Хорошо сочетается мускатный орех с мясными и рыбными фаршами, паштетами, пудингами и белыми соусами типа французского бешамеля.

Итальянской классикой считается сочетание шпината и мускатного ореха в начинках для самых различных итальянских макаронных изделий (наст) — "тортеллини" (tortellini), "равиоли" (ravioli) или "каннеллони" (cannelloni), а швейцарцы иногда добавляют орех в традиционное сырное "фондю" (fondue).

Однако из европейцев самыми большими приверженцами мускатного ореха были и остаются, конечно же, голландцы. Они добавляют его в блюда из капусты, картофеля и других овощей, приправляют им и мясо, и супы, и соусы. Справедливости ради надо отметить, что в последние десятилетия популярность мускатного ореха заметно уменьшилась, исключение составляют арабские страны и Индия (особенно север страны), где мускатный орех используется как приправа к мясным блюдам.

Индийцы часто включают его в пряные смеси "гарам-масала", марокканцы - в "рас-эль-ханут", а тунисцы - в "галат-дагга". В Индонезии деревянистая и кислая мякоть плода мускатного дерева идет на приготовление джема "селей-буах-пала" с тонким мускатным ароматом.