Мутность будет всегда, какой грунт туда не засыпай. Соилы не промывают по двум причинам: они легко крошатся и могут просто рассыпаться и уйти в канализацию; его мелкая пыль это вкусная для растений вещь, она сама довольно быстро ляжет на самый нижний слой, под крупные гранулы.
Насыпать ли сверху промытую гальку - дело только эстетики. "Ядерные" подложки - их да, засыпают декоративным.
Что можно сделать, чтобы минимизировать пыление (как я понимаю, вы в уже работающий аквариум засыпаете): неделю дать отлежаться грунту в отдельной емкости (чтобы и муть вывести, а также, в любом случае это надо делать, чтобы пик выделения веществ произошел не в аквариуме). При засыпании в аквариум отключить фильтрацию и аэрацию, чтобы течением пыль не разбросало, и чашкой медленно высыпать саил прямо у дна. Потом включить фильтр (лучше внутренний) на полную мощность, набитый меламиновой губкой для посуды. И будет все кристально чисто)