В ходе великого истребления джедаи были уничтожены, а Республика пала. Теперь бывшие республиканские коммандос - лучшие галактические солдаты, являющиеся клонами Джанго Фетта - оказываются по разные стороны баррикад и в разных доспехах. Дезертиры сбежали на Мандалор вместе с наемниками и изгоями-джедаями, вошедшими в силы Кэла Скираты против имперской оккупации. Другие, в том числе и коммандос из "Дельты" с "Омегой", теперь служат в качестве имперских коммандос в спецподразделении 501-ого Легиона Вейдера, целью которого является охота и уничтожение джедаев и клонов-дезертиров.